卓越中堅企業及潛力中堅企業遴選程序分為資格審查、實質審查及決審三階段，遴選程序如下述：
(一)第一階段：資格審查
經濟部工業局收到企業申請資料後，進行資格審查；倘申請文件未齊備，應即通知申請企業補送；企業經通知後，須於3個工作天內（不含通知當日）完成補正。

(二)第二階段：實質審查
實質審查由中堅企業審查會辦理，並由經濟部工業局局長擔任召集人，必要時得由召集人遴聘專業之學者專家擔任共同召集人，其審查程序如下：
1.初審(書面審查)：
  (1)依企業申請類組進行初審（如某一申請類組之申請件數小於5件時，得併入其他類組進行審查）。
  (2)如同一類組申請案數較多時，將依產業屬性再進行分組，每分組由類組召集人指定1位主審委員。
  (3)經各分組委員審查後，由類組召集人召開書審分組協調會，綜整提出類組推薦複審名單。
2.複審(會議審查)：
  (1)類組複審會議由類組召集人主持。
  (2)會議審查時，企業應由高階主管出席，原則上每案審查40分鐘，其中企業簡報20分鐘、詢答20分鐘。
  (3)全數案件審查完畢後，由類組召集人進行排序，並依審查結果提報類組召集人聯席會議審查。
  (4)類組召集人聯席會議由中堅企業審查會召集人及共同召集人共同主持，會議進行時，先由各類組召集人出席報告評審結果，再以共識決方式，擇優推薦一定比例之企業為卓越中堅企業決審候選名單，並決定潛力中堅企業名單。
  (5)列入決審候選名單及潛力中堅企業名單之企業，過去3年內不得有違反現行相關法令規定且情節重大之缺失，或涉入重大爭議糾紛，影響社會形象或民眾觀感。
  (6)前項重大缺失經查證屬實，或前項爭議糾紛經查證確有損社會形象與民眾觀感，並報類組召集人聯席會議審議通過後，得取消其列入決審候選名單及潛力中堅企業資格。

(三)第三階段：決審
1.由經濟部部長召開中堅企業發展推動小組會議辦理決審，決定卓越中堅企業名單。
2.原則上採程序審查，中堅企業審查會召集人、共同召集人、各類組召集人及經濟部工業局等應列席說明。